Каким образом на серверах запускается PHP?

PHP работает в виде модуля Apache (mod_php). Apache, в свою очередь, запускается под именем пользователя, которому принадлежит сайт. Таким образом, у вас никогда не будет проблем с файловыми операциями вне зависимости от того, как файлы создавались (веб-сервером или через фтп).

Также, доступен вариант работы PHP как отдельного сервера PHP-FPM. В некоторых случаях сайт может работать быстрее при работе с PHP-FPM.